提取分离；由于生物碱在植物体内常与有机酸（如咖啡酸、枸橼酸、草酸等）结合成盐，所以生药粉末可以直接用乙醇、稀乙醇（60%～80%）、水或稀酸（一般用0.5%～1%硫酸或乙酸）浸泡、渗漉或加热提取生物碱。提取液蒸去水或乙醇后，所得的胶质用2%左右的稀酸提取生物碱。如果用稀乙醇提取，则提取液加酸酸化后滤清酸水，用乙醚、氯仿洗去油脂，酸液用氨水、碳酸钠或石灰溶液碱化，游离出的生物碱分别用乙醚、氯仿提取即得总生物碱。如果含有水溶性生物碱，则留在溶剂提取后的水溶液中。这个方法提取的生物碱含杂质较多，但较为经济、安全，适合用于工业生产。也可将稀乙醇提取液通过大孔树脂柱吸附，然后用水洗净柱体，再用稀酸洗脱，浓缩后得到总碱。
弱碱性生物碱在植物体内往往以游离态存在，因此可用苯、氯仿等有机溶剂直接提取，强碱仍以盐的状态留在植物体内。水溶性生物碱和季铵碱不能被一般有机溶剂从水溶液中提出，可先将溶液酸化后通过阳离子交换树脂提取，也可用丁醇或戊醇等从碱水溶液中萃取。挥发性生物碱（如黄麻碱）可以用水蒸汽蒸馏法提取，而容易升华的生物碱（如茶叶中的咖啡碱）可以用升华法提取。现在超临界流体提取也在国内开始应用，如用超临界二氧化碳从延胡索中萃取延胡索素、从洋金花中萃取东莨菪碱等。
上述方法提取所得的总生物碱，应先用薄层层析检测含多少生物碱、各组分的大致比例，然后再选取各种层析法分离与纯化。
分类；生物碱一般按化合物结构类型或生物合成途径进行分类。 一些常见的生物碱结构类型如下：
（1）异喹啉类生物碱，异喹啉类生物碱是生物碱中最大的一类，以异喹啉或四氢异喹啉为母核，根据连接基团的不同，又可分为九类：单异喹啉类生物碱，如鹿尾草中的降血压成分鹿尾草碱；
（2）苄基异喹啉类生物碱，异喹啉核的1位接有苄基，如阿片中的解痉成分罂粟碱；
（3）双苄基异喹啉类生物碱，两个苄基异喹啉在酚羟基位置以醚键方式相连，如莲子芯中的莲心碱；
（4）阿扑芬类生物碱，苄基异喹啉类生物碱的两个苯环相连组成的四环化合物，如千金藤碱；
（5）原小蘖碱类生物碱，为两个异喹啉的稠合，如黄连中所含的抗菌成分黄连素；
（6）普鲁托品类生物碱，含羰基的小蘖碱开环化合物，如延胡索中的普鲁托品；
（7）吐根碱类生物碱，异喹啉环带苯骈喹啉啶环，如吐根中治疗阿米巴痢疾的有效成分吐根碱；
（8）α-萘菲啶类生物碱，如搏落回中的血根碱；
（9）吗啡类生物碱。
2、喹啉类生物碱
喹啉类生物碱的母核是喹啉环，其中最重要的一类是金鸡纳生物碱。
3、吡咯烷类生物碱
（1）简单的吡咯烷生物碱，如古柯叶中分离出的液体生物碱古豆碱、新疆党参中的党参碱；
（2）双稠吡咯烷类生物碱，由叔氮稠合两个吡咯烷而成，如阔叶千里光中分得的阔叶千里光碱；
（3）吲哚里西定类生物碱，以叔氮稠合吡咯烷与哌啶环而组成的吲哚里西定环，如白牵牛碱；
（4）莨菪烷类生物碱，由吡咯烷与哌啶骈合而成的杂环，常见的是与有机酸成酯的阿托品类生物碱；
（5）百部生物碱，百部根中分离得到的生物碱大多含有吡咯环，因此也纳入吡咯烷类生物碱。
4、吲哚生物碱
以吲哚环为母核的生物碱，如治疗白血病的高效药物长春新碱等。
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