2005年1月对七大水系的175条河流、345个断面的监测显示：Ⅰ～Ⅲ类水质占46.7%,其中Ⅰ类占9.0%，Ⅱ类占17.7%，Ⅲ类占20.0%;Ⅳ～Ⅴ类水质占24.9%，其中Ⅳ类占16.2%，Ⅴ类占8.7%;劣Ⅴ类水质占28.4%。七大水系主要污染指标是高锰酸盐指数、氨氮和石油类。按污染程度由轻到重的次序是：珠江、长江、松花江、淮河、黄河、辽河和海河。
2013年上半年，国家海洋局完成71条入海河流断面水质状况的监测和427个陆源入海排污口的排污状况监测。监测结果表明，6条河流入海监测断面水质为第五类，50条河流入海监测断面水质为劣五类。主要超标要素为化学需氧量、总磷、氨氮等。
海洋环境信息显示，71条入海河流中，
碧流河、晋江、招安东溪和珠江4条河流入海监测断面水质为第二类；
鸭绿江、闽江和南渡江3条河流入海监测断面水质为第三类；
复州河、小青龙河、黄河、大风江、钦江、防城江6条河流入海监测断面水质为第四类；
六股河、中山河、苏北灌溉总渠、东江北支流、东江南支流和茅岭江6条河流入海监测断面水质为第五类。
钱塘江、大辽河、深圳河在内的50条河流入海监测断面水质为劣五类。
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